El primer dueño de la Hacienda fue uno de los soldados de Hernán Cortés, Juan Lencero, quien la mandó a construir en1525. Su importancia radica en que recibió una de las “Mercedes Reales,” permiso para establecer una de las diez posadas para descanso para los viajeros en el camino desde Veracruz hacia México. Años después, la Hacienda diversificó sus actividades para incluir: la cría de ganado, la reparación de carruajes, alfarería, el cultivo de algodón y caña de azúcar, entre otras cosas.

El 27 de mayo de 1842, bajo la escritura pública No. 156, el propietario Juan Francisco Caraza y Zavalza vende a don Antonio López de Santa Anna esta hacienda, en la cantidad de 45 mil pesos – oro. La hacienda continuaba brindando los servicios de hospedaje a los viajeros, por lo cual comenzó a cobrar impuestos por derecho de tránsito. En 1856, Ignacio Comonfort decretó el embargo de los bienes de Santa Anna y en 1870 se vendió la hacienda.

Para 1875 El Lencero era una de las haciendas azucareras más importantes de la región. Entre 1923 y 1935 perdió gran parte del terreno debido a problemas agrarios. En 1935, el Señor Rafael Murillo Camacho compró 28 hectáreas de la hacienda, reconstruyendo sus edificios.

En 1981, Agustín Acosta Lagunes, Gobernador del Estado de Veracruz, adquirió en 12 millones de pesos la parte principal compuesta por 8 hectáreas y ordenó la restauración de la casa principal.

Para el año de 1982, en plena crisis económica y alza de los índices de criminalidad, se toma la decisión de estandarizar los servicios de formación técnica de los elementos de las instituciones policiales, creándose así la Academia Estatal de Policía del Estado de Veracruz mediante el decreto número 80, con fecha 29 de junio de 1982, como organismo desconcentrado con patrimonio propio.

El 20 de Octubre de 2014, en la Gaceta Oficial del Estado Núm. extraordinario 418, nace el Instituto de Formación Policial “Centro de Estudios e Investigación en Seguridad,” como organismo desconcentrado de la Secretaría de Seguridad Pública. Por lo que la Academia Estatal de Policía transfirió todos sus recursos humanos, financieros y materiales, así como sus planes y programas de estudios vigentes, a esta nueva figura jurídica.

El 23 de noviembre de 2016, con la visión de introducir servicios educativos para profesionalizar a los elementos de las corporaciones policiales, el CEIS adquirió su registro de establecimiento educativo ante la Dirección General de Profesiones de la Secretaría de Educación Pública para impartir estudios superiores en seguridad pública, mediante acuerdo único inscrito en la sección primera del libro 42 de Instituciones Educativas, a foja 362, con clave de institución 300495.

Finalmente, mediante la Gaceta Oficial del Estado Núm. Extraordinario 056, de fecha 08 de febrero de 2017, se establece el Reglamento Interior de la Secretaría de Seguridad Pública que le confiere nuevas atribuciones y funciones a este Centro de Estudios.